如果是獨立核算，那么稅金可以由分公司在注冊地自行繳納的，總公司不用重復繳它的稅。分公司因為是獨立核算，所以總公司編制的總公司自己的報表中是不反應分公司業務情況的，只是在編制整個公司的合并報表里把分公司包含進來，分公司的收入成本利潤等情況只反應在總的合并報表里面。

獨立核算是“非獨立核算”的對稱。對本單位的生產經營活動或預算執行過程及其結果進行全面的、系統的會計核算。凡具有一定數額的資金，可對外辦理結算，獨立編制計劃，單獨計算盈虧的企業，一般都實行獨立核算。實行獨立核算的單位稱為“獨立核算單位”。

獨立核算單位通常單獨設置會計機構，配備必要的會計人員，并具有完整的會計工作組織體系，包括所使用的會計科目，會計憑證和帳簿，應編制的會計報表以及進行分析和檢查的方法與程序等。施工企業，一般以公司為獨立核算單位;工區(處)廠、站或施工隊等為內部獨立核算單位。內部獨立核算單位所屬的施工隊、車間等為內部核算單位。

獨立核算的分公司如何繳納增值稅？

一、獨立核算的分公司與非獨立核算的分公司的區別：

1、獨立核算分公司（即法人機構）和非獨立核算的分公司（即非法人機構）在增值稅征管上是一致的，都在其經營地就地繳納增值稅；

2、獨立核算分公司企業所得稅是單獨核算繳納的，非獨立核算的分公司即是分支機構，企業所得稅是匯總繳納的。

二、增值稅及所得稅稅申報

1、首先去銀行開立一個扣稅賬戶，然后去稅所備案，以后就只需要在網上申報他會自動在銀行扣款，所以你要保證那個扣稅賬號有足夠的錢來扣款。

2、增值稅是按月申報的（國稅局），不管是否有無收入，都必須申報，申報期一般是每個月的15號前，如有法定假日會順延。

3、企業所得稅的話是實行季度預繳的，（因為你詢問的是增值稅，所以我想你的企業所得稅應該也是在國稅交）一般也是季度后的月份15號前。